Filmy i dyski tworzone w programie Pinnacle Studio powstają na podstawie projektów tworzonych na osi czasu.

Aby możliwe było zarządzanie projektami w programie Studio, musi być wykonywane śledzenie elementów trafiających na oś czasu oraz wszystkich czynności edycyjnych dotyczących przycinania, dodawania efektów itd. Większość z tych informacji jest przechowywana w pliku projektu o formacie axp (Studio Movie). Na potrzeby funkcji Zatrzymaj ruch projekty są zapisywane w formacie axps.

W celu zaoszczędzenia miejsca na dysku podczas obsługi plików, które mogą być bardzo duże, plik projektu nie obejmuje elementów multimedialnych filmu. W tym przypadku jest zapisywana tylko ich lokalizacja.

Plik projektu axp stanowi domyślny format pliku w poleceniach menu Plik > Otwórz, Plik > Zapisz i Plik > Zapisz jako. Może to być jedyny potrzebny format.

Czasami jednak wygodnie jest mieć wszystkie zasoby wybrane do projektu zgromadzone w jednym zbiorze, którym łatwo zarządzać i który umożliwia bezproblemowe archiwizowanie, przesyłanie czy wczytywanie. Do tego celu został stworzony inny format — axx (Studio Project Package) — zawierający w pojedynczym pliku wszystkie materiały używane w projekcie, łącznie z elementami multimedialnymi. Z konieczności pliki w tym formacie są znacznie większe niż standardowe pliki projektu.

Mimo że bezpośrednie edytowanie projektu w formacie pakietu nie jest możliwe, program Pinnacle Studio pozwala na otwarcie pakietu projektu z użyciem poleceń Plik > Otwórz przez wybranie pozycji axx w polu rozszerzenia pliku. W programie Studio następuje rozpakowanie projektu, utworzenie w Bibliotece pozycji dla wersji rozpakowanej i otwarcie jej do edycji.

Projekt utworzony przy użyciu edytora nagrań z wielu kamer jest zapisywany w postaci pliku mcam. Plik mcam jest domyślnie dodawany do osi czasu jako zagnieżdżony projekt. Można go rozwinąć, klikając dwukrotnie plik na osi czasu i edytując go na odpowiedniej karcie osi czasu. Wszystkie zmiany są zapisywane w głównym projekcie.

Notatki projektu umożliwiają dokumentowanie szczegółów projektu, zadań oraz uwag osoby oceniającej. Notatki mają strukturę listy kontrolnej, ułatwiającej zaznaczanie pozycji, które zostały ukończone lub ocenione. Dostęp do notatek projektu można uzyskać w dowolnym momencie z poziomu otwartego projektu. Notatki można również zapisać jako plik TXT w tej samej lokalizacji co plik projektu.