Pinnacle Studio incluye funciones de máscara que le permiten editar selectivamente una o varias áreas de un clip o pista de vídeo. Por ejemplo, puede convertir en transparente una parte de un clip de vídeo para que se muestre un clip de vídeo subyacente a través de ella. Puede aplicar efectos a áreas específicas, lo que le permite añadir un efecto de blanco y negro a un área determinada o corregir su color. También puede crear un panel de máscara 2D con movimiento 3D.
El seguimiento de movimiento le permite aplicar un desenfoque o un elemento (como texto) a un objeto en movimiento de un vídeo, realizando así el seguimiento del movimiento fotograma a fotograma. Algunas versiones de Pinnacle Studio incluyen detección de caras y de objetos que puede utilizarse para el seguimiento y la creación de máscaras.