Pinnacle Studio bevat maskeerfuncties waarmee u een of meer gedeelten van een videoclip of een track selectief kunt bewerken. U kunt bijvoorbeeld een gebied van een videoclip transparant maken zodat een onderliggende videoclip hierdoor zichtbaar wordt. U kunt effecten toepassen op opgegeven gebieden, zodat u een zwart-witeffect kunt toevoegen aan een specifiek gebied of een kleurcorrectie kunt uitvoeren voor een specifiek gebied. U kunt ook een 2D-maskerpaneel met 3D-beweging maken.
Met behulp van Beweging volgen kunt u een vervaging of een element, zoals tekst, toepassen op een bewegend object in een video, waarbij de beweging van frame tot frame wordt gevolgd. In bepaalde versies van Pinnacle Studio is gezichts- en voorwerpherkenning beschikbaar. U kunt deze functies ook gebruiken voor het volgen van beweging en om maskers toe te passen.